当店员偷窃营业款且尚有未领工资时，用人单位不能直接用未领工资抵扣偷窃损失。以下分情况说明：
1. 若偷窃事实已被确认（如监控、员工承认等证据充分），用人单位应通过法律途径追责（如报警或民事诉讼索赔），但仍需按规定支付未领工资。工资是员工正常劳动报酬，与偷窃行为属不同法律关系，不得直接抵消。
2. 若偷窃事实缺乏确凿证据，用人单位更不能以此拒发未领工资。此时应先协商工资支付问题，或通过劳动仲裁解决争议，同时积极收集证据核实偷窃行为。
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关于店员偷窃营业款且有未领工资时能否拒发工资，可依据《中华人民共和国劳动合同法》明确：
第三十条规定：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。”
未领工资是店员劳动应得报酬，用人单位须依法足额支付。偷窃营业款是违法行为，用人单位可追究其赔偿责任，但这不能成为拒发工资的合法理由，因此必须支付未领工资。
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处理店员偷窃营业款且有未领工资问题时，需避免以下错误操作：
1. 直接用未领工资抵扣损失：工资是合法劳动报酬，与偷窃行为属独立法律关系，用人单位无权擅自抵扣，否则可能构成拖欠工资并承担责任。
2. 无证据便公开指责或处理店员：无确凿证据时公开指控或辞退、罚款，可能侵犯店员名誉权，店员有权要求赔礼道歉并赔偿损失。
3. 忽视法律程序私自解决：部分店方私自扣押物品或限制人身自由逼迫赔偿，属严重违法行为，可能引发更大法律纠纷，需承担民事赔偿甚至刑事责任。
若不确定合法处理方式，可咨询我为您提供解答，避免错误操作带来风险。
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店员偷窃营业款且有未领工资，店铺可能面临以下法律风险：
1. 拖欠工资风险：若店铺以偷窃为由拒付未领工资，违反《中华人民共和国劳动合同法》第三十条。例如，店员偷窃500元，店铺拒发1000元工资，劳动监察部门会责令限期支付并可能加付赔偿金。
2. 证据不足追责风险：若未收集充分证据（如监控模糊、财务混乱），报警或诉讼时可能因证据不足无法追责，导致经济损失无法挽回，如仅口头指控无其他证据，警方可能不予立案。

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